بعد ذلك سار بقواته بحذاء الفرع الكانوبي للنيل، متجهاً إلى ساحل البحر المتوسط، وحط رحاله بالقرب من بحيرة مريوط، وراعه أهمية المكان المحصور بين البحيرة والبحر المتوسط، خاصة إن المكان قريب من نهر النيل الذى يمده بالمياه العذبة. لقد وجد في المكان قرية صغيرة تسمى راكودة، ومن ثم كلف أحد معاونيه ويدعى دينوقراطيس لكي يشرف على بناء مدينة في هذا المكان مشتقاً إسمها من اسم الإسكندر وهي الإسكندرية.
بينما شرع المهندسون في التصميم، قرر الإسكندر القيام برحلة روحية لمعبد أمون في سيوة، ودخل معبد الإله أمون وكان الكهنة ينتظرونه بترحاب. بعد ذلك أطلق على نفسه إبن آمون رع لكي يكون مبجلاً ويكتسب إحترام المصريين.
رجع الإسكندر إلى منف، وقبل مغادرته مصر حرص على أن ينظم مصر تنظيماً دقيقاً. فقد حرص على الإبقاء على النظم المصرية القديمة، وتنويع الحكم بين المصريين والإغريق الذين وضع بين أيديهم السلطة العسكرية والمالية، وأبقى للمصريين السلطة الإدارية. لقد وزع السلطات بالتساوي، لذا لم يعين حاكماً عاماً مقدونياً، وبذلك ضمن رضى المصريين وعدم قيام الثورات الوطنية.
لقد أبقى مصر كولاية، كما أبقى على منف، العاصمة المصرية، كعاصمة على الولاية، وحرص على عدم تغيير التقسيم الإداري لمصر. حرص الإسكندر على فتح أبواب مصر للمهاجرين الإغريق خاصة المقدونيين، لأن مصر كما تخيلها الإسكندر كانت ولاية مقدونية إغريقية حكماً وفكراً وثقافة، وكان ذلك نقطة تحول في تاريخ مصر، إذ دخلت طوراً جديداً من أطوار حضارتها المتنوعة، خاصة بعد تأسيس أسرة البطالمة التي حققت إلى حد كبير ذلك الحلم.
قبل أن يغادر الإسكندر مصر، إستعرض قواته للوداع وأقام للشعب المصري والإغريقي مهرجاناً رياضياً وثقافياً كرمز للتعاون بين الحضارتين العريقتين، كما أوصى موظفيه في مصر بالقيام ببعض الإصلاحات للمعابد وتجديد معبد الكرنك.
لقد كانت الفترة التي قضاها الإسكندر في مصر قصيرة لم تتعد ستة شهور
(من خريف عام 332 ق.م إلى ربيع عام 331 ق.م) لكنها كانت عامرة بالإصلاحات
والأحداث التي حولت مصر إلى فلك الحضارة الإغريقية في البحر المتوسط.
كان يتمنى أن يعود إليها مرة أخرى ليرى ثمار ما غرس، لكن القدر لم يحقق
له هذا الرجاء، إذ عاد إلى مصر محمولاً على عربة، محنطاً في تابوت لتكون
الإسكندرية هي مثواه الأخير.
